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GPU并行计算集群上的LAMMPS分子动力学模拟性能测试
李伯杨; 聂峰光; 李晓霞; 郭力
2011
Source Publication计算机与应用化学
Issue10Pages:1229-1233
Abstract近年来GPU作为一种具有极强运算能力的多核处理器,得到了快速的发展,成为高性能计算领域的主要发展方向。各种分子动力学模拟的主流软件也纷纷使用GPU技术,其中LAMMPS较早地开发出了通用的并行GPU版本。本文利用nVIDIA公司最新Femi架构的Tesla C2050 GPU搭建了小型的基于LAMMPS的分子动力学模拟GPU并行计算集群,通过氩原子熔化的算例对集群性能进行了测试,测试的内容包括CPU集群、单节点单GPU、单节点多GPU以及多节点GPU集群。比较了各种情况的加速倍数并对造成性能改变的原因进行了讨论,分析了用于MD模拟的GPU并行计算集群性能的瓶颈所在,提出可能的解决方法,搭建集群时,充分考虑PCI总线的承受能力,对于集群效率的提高有很大好处。测试结果表明,集群的性能较高,相对于以往的单机以及CPU集群,计算的规模大大提高了,加速比也在20倍以上。可以预测,在未来一段时间内,多GPU并行是分子动力学模拟的发展方向。
KeywordGpu Lammps 并行计算
Document Type期刊论文
Version出版稿
Identifierhttp://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/10027
Collection研究所(批量导入)
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GB/T 7714
李伯杨,聂峰光,李晓霞,等. GPU并行计算集群上的LAMMPS分子动力学模拟性能测试[J]. 计算机与应用化学,2011(10):1229-1233.
APA 李伯杨,聂峰光,李晓霞,&郭力.(2011).GPU并行计算集群上的LAMMPS分子动力学模拟性能测试.计算机与应用化学(10),1229-1233.
MLA 李伯杨,et al."GPU并行计算集群上的LAMMPS分子动力学模拟性能测试".计算机与应用化学 .10(2011):1229-1233.
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