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GPU加速的主流MD程序计算性能
陶晓芳; 李晓霞
2014
Conference Name中国化学会第29届学术年会
Source Publication中国化学会第29届学术年会摘要集——第19分会:化学信息学与化学计量学
Conference Date2014-08-04
Conference Place中国北京
Funding Organization中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室;
AbstractGPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典型MD软件在单GPU卡上的计算性能,其中,静电力计算采用PME算法,测试所用的软硬件平台和计算结果如图1所示。从图1中可看出,不管是每1000步计算一次能量还是每步均计算能量,MD模拟GPU加速后的性能均优于GROMACS 8核CPU的计算性能。由于在不计算能量时,部分计算逻辑采用了代价小的计算近似来提升性能,GROMACS和ACEMD在enerFreq=1和enerFreq=1000两种情况下的GPU加速性能差别较大。本文还...
KeywordGpu Md
Document Type会议论文
Identifierhttp://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/15468
Collection研究所(批量导入)
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GB/T 7714
陶晓芳,李晓霞. GPU加速的主流MD程序计算性能[C],2014.
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